在市级层面，设立自贸试验区推进工作领导小组及其办公室。

在浦东新区层面，自贸试验区管委会与浦东新区人民政府合署办公，承担统一管理自贸试验区各功能区域，推进浦东全区落实自贸试验区改革试点任务的主体责任。管委会主任由市政府分管领导和浦东新区区委主要领导共同担任，常务副主任由浦东新区政府主要领导担任，根据工作需要设副主任若干名。管委会内设3个职能局，分别为综合协调局、政策研究局、对外联络局，承担自贸试验区改革推进、政策协调、制度创新研究、统计评估等职能。

在片区层面，上海自贸区将设置5个区域管理局，分别为保税区管理局、陆家嘴管理局、金桥管理局、张江管理局、世博管理局。保税区管理局负责管理保税区域（28.78平方公里）的行政事务，作为市政府派出机构，委托浦东新区管理。区域内市政府部门派驻机构，将根据运行情况与浦东新区机构设置逐步调整衔接。陆家嘴、金桥、张江、世博4个区域管理局，与陆家嘴金融贸易区管委会、金桥经济技术开发区管委会、张江高科技园区管委会、世博地区开发管委会合署办公，分别负责落实陆家嘴（24.33平方公里）、金桥（20.48平方公里）、张江（37.2平方公里）、世博（9.93平方公里）区域的自贸试验区改革试点任务，同时仍全面负责管理原管辖范围内的行政事务。